V špeciálnej základnej škole sa vzdelávajú mentálne postihnutí žiaci, ktorí sú na základe psychologického a špeciálno-pedagogického testovania rozdelení do troch variantov:

1. A variant – žiaci s ľahkým stupňom mentálneho postihnutia

2. B variant – žiaci so stredným stupňom mentálneho postihnutia

3. C variant – žiaci s ťažkým až hlbokým stupňom mentálneho postihnutia

Úlohou školy je poskytnúť žiakom s mentálnym postihnutím rôzneho stupňa optimálne podmienky na vzdelávanie a osobnostný rozvoj, ktoré  im nemôže zabezpečiť základná škola. Výučba prebieha podľa učebných osnov špeciálnej základnej školy od 1.- 9. ročník v A variante, vo variantoch B a C od 1. – 10. ročník. Nižší počet žiakov v triedach umožňuje  špeciálnym pedagógom venovať sa žiakom individuálne. (maximálny počet žiakov v A var.  1. roč. je 6 žiakov, 2.-5. roč. max.8 žiakov, 6.-9. roč. max. 10 žiakov). Vyučovacie predmety sú temer totožné s predmetmi v základnej škole, rozsah učiva je však redukovaný.

Triedy B a C variantu dávajú žiakom priestor rozvíjať ich grafomotorické a sociálne zručnosti, komunikačné schopnosti vzhľadom na druh, stupeň mentálneho postihnutia. Mnohí žiaci sú vzdelávaní podľa individuálnych vzdelávacích programov, individuálny prístup k nim  je nevyhnutný. Pri ťažších druhoch postihnutia pomáhajú v triede asistenti učiteľa nielen pri vzdelávaní žiaka ale i pri sebaobslužných činnostiach, hygiene.

V popoludňajších hodinách je zabezpečovaná mimoškolská činnosť v školskom klube, žiaci sa môžu stravovať  v školskej jedálni.